Movable Typeのバージョンアップ時にDBが壊れないか心配で‥‥というようなことを書いていたのですが、最悪、MySQLのバックアップデータから復帰できそうなので、とりあえずMT4へのアップグレードを実施してみることにしました。

ネタフルはサーバで自動的にMySQLのバックアップをしてもらっているのですが、普通はそうでないと思いますので、小粋空間: MySQL + phpMyAdmin によるバックアップなどを参考にしてください(インポート方法もあり)。
ただし、phpMyAdminを使うというのもそれはそれでハードルが高いので、使わなくてもいけそうな方法を最後にご紹介しますね。
ということで、まずはアップグレードの参考にするサイトをば。
▼Movable Type 3.x から Movable Type 4 へのアップグレード | Movable Type 4 ドキュメント
アップグレードでテンプレートがややこしくなるという話を聞きますので、とりあえず使用しているテンプレートを全てテキストとしてバックアップしておきます。

続いて、アーカイブマッピングの設定が引き継がれないということなので、ネタフルはカスタマイズしているのでこちらもテキストでバックアップしておきます(設定→公開)。

いよいよMovable Type 4をダウンロードします。
最初に「以前のバージョンのデータの削除」するそうです。
バックアップを作成した事を確認したら FTP プログラムで、アプリケーションディレクトリとスタティックディレクトリの内容を空にします。これは、以前のバージョンとの混在を防ぐためです。
アプリケーションディレクトリとスタティックディレクトリは削除せずに、いずれもリネームして残し、新たにインストール用の同名のフォルダを作成しました(「mt-static2」「cgi-bin2」みたいな感じにリネーム)。