Dockからアプリケーションメニューにアクセスすることができる「AppMenuBoy」というMac OS X用のソフトがありました。

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起動するとDockに現れ、右クリックでアプリケーションメニューにアクセスすることができます。

フォルダがあるものに関しては、きちんと階層構造で表示されるようになっています。

起動項目にしておくと良いですね。