iPhoneのメモリを解放する小ネタ - Inside Outというエントリーで、Safariを完全に終了させておく方法が紹介されていました。以下のようなものです。
既にページを開いている状態なら、一度開いているページとは別に「新規ページ(白紙のまま)」を作って既に開いているページを閉じます。そして新規ページ(白紙のまま)を表示させてホームボタンを押してSafariを普通に終了させて下さい。
要するに白紙状態の新規ページのみにした状態で、ホームボタンを長押ししてSafariを終了させると、プロセスを完全に終了させることができるそうです。

「Memory Status」で確認すると、確かにSafariのプロセスがなくなっていました。
個人的にはSafariで大量にウィンドウを開くことがないのであまり気にしていなかったのですが、確実にメモリを解放する方法として覚えておいても良いかもしれません。
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